มาตรา 49 การเป็นผู้รักษาราชการแทนตามพระราชบัญญัตินี้ไม่กระทบกระเทือนอำนาจนายกรัฐมนตรี รัฐมนตรีเจ้าสังกัด ปลัดกระทรวง หรือผู้ดำรงตำแหน่งเทียบเท่าปลัดกระทรวง ปลัดทบวง อธิบดีหรือผู้ดำรงตำแหน่งเทียบเท่าอธิบดี ซึ่งเป็นผู้บังคับบัญชาที่จะแต่งตั้งข้าราชการอื่น เป็นผู้รักษาราชการแทนตามอำนาจหน้าที่ที่มีอยู่ตามกฎหมาย
ในกรณีที่มีการแต่งตั้งผู้รักษาราชการแทนตามวรรคหนึ่ง ให้ผู้ดำรงตำแหน่งรองหรือผู้ช่วยพ้นจากความเป็นผู้รักษาราชการแทนนับแต่เวลาที่ผู้ได้รับแต่งตั้งตามวรรคหนึ่งเข้ารับหน้าที่